نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی مانند لمپس، دی ال پلی، نمد، گرومکس و ... ضمن دریافت ورودی های لازم برای پردازش و انجام شبیه سازی بهصورت داده های عددی خام، خروجی های تولیدشده را نیز به همین شکل ارائه می دهند. بنابراین، استفاده از نرم افزارهای کمکی بهمنظور پیش پردازش (تولید ورودی ها) و پس پردازش (تحلیل و بصری سازی نتایج) بسیار سودمند خواهد بود. از پرکاربردترین و توانمندترین نرم افزارهای کمکی مورداستفاده در این زمینه می توان به نرمافزارهای اویتو، وی ام دی و تراویس اشاره کرد که هر یک با ویژگیهای خاص خود می توانند کمک شایانی به تحلیل و بصری سازی خروجی های خام حاصل از یک شبیه سازی کنند. این کتاب، با استفاده از مثالهای کاربردی، به توضیح مبانی بصری سازی و چگونگی استفاده از این نرمافزارها می پردازد.