سازمان یابی ژنوم

فصل اول: مقدمه میانکنش DNA و پروتئین 1
1-1 دمین متصل شونده به DNA 2
1-1-1 ساختار HTH 2
1-1-2 ساختار wHTH 5
1-1-3 ساختار روبان بتا 5
1-1-4 ساختار زیپ لوسین 7
1-1-5 ساختار انگشت روی 8
Reference 11
فصل دوم: بسته‌بندی ژنوم در ویروس‏ها 13
2-1 باکتریوفاژ لامبدا 18
2-1-1 همانندسازی دایرۀ غلطان 20
2-1-2 نگاهی گذرا بر بسته‌بندی ژنوم در باکتریوفاژ لامبدا 21
2-1-3 نواحی cos در باکتریوفاژ لامبدا 22
2-1-3-1 ناحیۀ cosN 22
2-1-3-2 ناحیۀ cosB 24
2-1-3-3 نواحی cosQ و I2 24
2-1-4 اعضای عملکردی ماشین بستهبندی 25
2-1-4-1 آنزیم ترمیناز 25
2-1-4-1-1 زیرواحد کوچک آنزیم ترمیناز 25
2-1-4-1-2 دمین‌های ساختاری و عملکردی 25
2-1-4-1-3 زیرواحد بزرگ آنزیم ترمیناز 26
2-1-4-1-4 دمینی با فعالیت اندونوکلئازی و هلیکازی 26
2-1-4-1-5 دمینی با فعالیت ترانسلوکازی 27
2-1-4-2 پروتئین IHF 27
2-1-5 هالوآنزیم ترمیناز 29
2-1-5-1 فعالیت اندونوکلئازی آنزیم 29
2-1-5-1-1 فعالیت هلیکازی 30
2-1-6 تجمع پروکپسید 31
2-1-7 پروتئین gpD و نقش آن در تکامل کپسید 33
2-1-8 مراحل بسته‌بندی ژنوم باکتریوفاژ لامبدا 35
2-1-8-1 مرحلۀ آغاز بسته‌بندی 35
2-1-8-2 مرحلۀ انتقال در بسته‌بندی 36
2-1-8-2-1 نقش gpFI و پروکپسید در مرحلۀ انتقال 36
2-1-8-2-2 سرنوشت IHF و gpNu1 در بسته‌بندی ژنوم ویروس 38
2-1-8-2-3 کمپلکس موتور بسته‌بندی 39
2-1-8-3 مرحلۀ پایان در بسته‌بندی ژنوم ویروس 39
2-1-9 تشکیل ساختار دم و تکمیل بسته‌بندی 44
2-2 ویروس موزائیک تنباکو 45
2-2-1 ساختار ویروس موزائیک تنباکو 46
2-2-2 تجمع زیرواحدهای پروتئینی 47
2-2-3 ویژگی‌های RNA ویروس موزائیک تنباکو 49
2-2-4 میانکنش اختصاصی با RNA 51
2-2-5 مکانیسم بسته‏بندی ژنوم 52
References 56
فصل سوم: بسته‌بندی ژنوم‌ درپروکاریوت‌ها 59
3-1 نیروهای داخلی 60
3-1-1 نیروی متراکم کننده 60
3-1-2 پیوندهای هیدروژنی 61
3-1-3 پیوندها بین‌گروه‌های بازهای مجاور در دو رشته 61
3-2 نیروهای خارجی 61
3-2-1 پیوند بین گروه‌های باز با مولکول‌های اطراف 62
3-2-2 میانکنش یون ها با DNA 62
3-2-3 پیوند پروتئین‌هایی با بار مثبت به DNA 62
3-3 عناصر ترانس 63
3-3-1 پروتئین HU 64
3-3-1-1 جهش در ژن‌های hupA و hupB 66
3-3-2 پروتئین IHF: 67
3-3-3 پروتئین H-NS یا H1 68
3-4 عناصر سیس (A-tracts) 71
3-5 شکل‌های ساختاری متفاوت نوکلئوئید در مراحل مختلف رشد 73
3-6 واحدهای ساختاری در نوکلئوئید 74
3-7 DPS و نقش آن در بسته‌بندی 74
3-8 مدل مرحله‌ای بسته بندی (Hierarchical model) 76
References 77
فصل چهارم:سازماندهی ژنوم یوکاریوت‌ها در شبکه‌های هسته و هستک 79
4-1 ساختمان هسته 80
4-1-1 پوشش هسته 80
4-1-2 شبکۀ هسته‌ 82
4-1-2-1 شبکۀ خارجی لامینای هسته‌ای 82
4-1-2-2 شبکۀ داخلی ماتریکس هسته‌ای 84
4-1-2-2-1 وظایف شبکۀ خارجی لامینا و شبکۀ داخلی ماتریکس هسته‌ای 85
4-1-2-3 فیلامنت‌های مرکزی 87
4-1-2-4 پروتئین‌های حمایت‌کننده 88
4-1-3 شیرۀ هسته 89
4-2 ساختمان هستک 90
4-2-1 کانال ارتباطی هستک و غشا هسته 93
References 94
فصل پنجم: بسته‌بندی ژنوم یوکاریوت‌ها در فیبرهای کروماتینی 95
5-1 نوکلئوزوم زیرواحد ساختاری کروموزوم 98
5-2 مولکولی نوکلئوزوم 104
5-3 تنوع در هیستون‌های هسته‌ای 106
5-4 سطوح بالاتر از نظم ساختاری نوکلئوزومی 108
5-4-1 هیستون H1 109
5-4-2 فیبرهای 30 نانومتری 111
5-4-2-1 نقش دم‌های هیستونی در تشکیل ساختارهای 30 نانومتری 114
5-4-3 فیبرهای 300 نانومتری 114
5-5 تنظیم ساختار کروماتین 117
5-5-1 کمپلکس بازآرایی نوکلئوزوم 118
5-6 مکان‌یابی نوکلئوزوم 120
5-7 تغییرات دم‌های انتهای آمین هیستون‌ها 123
5-7-1 استیلاسیون هیستون‌ها 126
5-7-2 فسفوریلاسیون هیستون‌ها 129
5-7-3 متیلاسیون هیستون و DNA 129
5-8 پروتئین‌های خاموش‌کننده 133
5-8-1 خانوادۀ پروتئینی SIR 134
5-8-2 پروتئین خاموش‌کننده HP1 134
5-8-3 تلومر و پروتئین‌های خاموش‌کننده 137
4-8-5 خاموش‌سازی نواحی HML و HMR در مخمر 138
5-8-5 خاموش‌سازی ژن‌های rDNA در مخمر 141
5-8-5-1 rDNA و پیرشدگی 144
5-8-6 خاموش‌ و متراکم‌سازی سانترومر 146
5-8-7 مکانیسم شناسایی هیستون‌های تغییر یافته توسط پروتئین‌ها 148
5-9 رونویسی و کدگذاری هیستون‌ها 153
5-9-1 موقعیت نوکلئوزوم‌ها در زمان رونویسی 153
5-9-2 تنظیم بیان ژن به واسطۀ هورمون تیروئید 154
5-10 همانندسازی و کدگذاری مجدد هیستون‌ها 155
5-10-1 بازسازی نوکلئوزوم‌ها و چپرون‌های هیستونی 158
Reference 169
واژه‏نامه 165
واژه‏یاب 171
ضمیمه رنگی 173